南京最难上的大学排名如下：
南京大学
南京大学是一所历史悠久、声誉卓著的百年名校，前身是创建于1902年的三江师范学堂，1950年更名为南京大学。1999年，南京大学进入国家“985工程”首批重点建设的高水平大学行列。南京大学在考研难度上位列江苏省之首，考试难度相当高。
东南大学
东南大学简称“东大”，位于江苏省省会南京市，是教育部直属的副部级全国重点大学。著名的建筑老八校及原四大工学院之一，入选国家“双一流”建设高校、“211工程”、“985工程”。
河海大学
河海大学简称“河海”，位于江苏省会南京市，是一所具有百年办学历史，以水利为特色，工科为主，多学科协调发展的教育部直属全国重点大学。河海大学由教育部、水利部、国家海洋局与江苏省人民政府共建。
南京理工大学
南京理工大学简称“南理工”，位于古都南京市，北依紫金山，西临明城墙，是一所隶属于中华人民共和国工业和信息化部的全国重点大学。学校创建于1953年，前身是中国人民解放军军事工程学院炮兵工程系。
南京航空航天大学
南京航空航天大学简称“南航”，位于江苏省省会南京市，是一所以航空航天为特色的全国重点大学。南京航空航天大学入选了国家“双一流”建设高校和“211工程”。
南京师范大学
南京师范大学简称“南师大”，位于江苏省省会南京市，是教育部与江苏省人民政府共建的全国重点大学。南京师范大学在考研难度上也相对较高。
这些排名综合了不同来源的数据，虽然存在一定的差异，但可以得出南京大学和东南大学是南京最难上的两所大学，河海大学、南京理工大学和南京航空航天大学也位列其中。建议有意申请这些学校的考生提前了解并做好准备，以提高录取几率。