当前交通运输部直属的大学有三所，它们是：
大连海事大学
主管部门：交通运输部
所在地：辽宁大连
层次：本科 公办
简介：大连海事大学是交通运输部直属的国家重点大学，是国家“211工程”和“双一流”建设高校，以航海和海洋工程等领域著称。
中国民航大学
主管部门：交通运输部（中国民用航空局）
所在地：天津
层次：本科 公办
简介：中国民航大学是中国规模最大的民航高等教育机构，专门培养民航领域的工程师和技术管理人才。
中国民用航空飞行学院
主管部门：交通运输部（中国民用航空局）
所在地：四川德阳
层次：本科 公办
简介：中国民用航空飞行学院是全球最大的以飞行培训为主的高等院校，被誉为“中国民航飞行员的摇篮”。
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