第二军医大学的专业涵盖了医学、理学、法学、教育学、文学、工学、管理学和军事学等八个学科门类。具体专业设置如下：
基础部
基础医学
生物学
公共卫生与预防医学
特种医学
药学
生物医学工程
外国语言文学
计算机科学与技术
海军医学系
潜水医学
军事航海医学
军队卫生学
防原医学
防化医学
药学院
药理学
药物化学
药剂学
药物分析学
生药学
微生物与生化药学
药事管理学
卫勤系
卫生勤务
护理学院
护理学
心理与精神卫生学系
基础心理学
军事心理学
医学心理学
精神医学
临床精神疾病诊治
热带医学与公共卫生学系
热带传染病学
流行病学
环境卫生学
卫生毒理学
生物防御（微生物）
防化医学
中医系
中医基础理论
中药方剂
经典著作
针灸推拿
中医外科
中医内科
此外，第二军医大学还有以下推荐专业：
临床医学（八年制）
临床医学（五年制）
海军临床医学五年制
麻醉学五年制
中医学五年制
公共事业管理四年制
药学四年制
生物技术四年制
护理四年制
建议根据个人兴趣和职业规划，选择合适的专业进行深入学习。