波士顿大学共设有以下学院：
1. 文理学院（College of Arts and Science）
2. 传播学院（College of Communication）
3. 工程学院（College of Engineering）
4. 美术学院（College of Fine Arts）
5. 基础研究学院（Graduate School of Arts & Sciences）
6. 健康与康复科学学院（School of Health Sciences）
7. 牙医学院（Goldman School of Graduate Dentistry）
8. 研究生文理学院（Graduate School of Arts & Sciences）
9. 都市学院（Metro politan College）
10. 教育学院（School of Education）
11. 酒店管理学院（School of Hospitality Administration）
12. 法学院（School of Law）
13. 管理学院（School of Management）
14. 医学院（School of Medicine）
15. 公共健康学院（School of Public Health）
16. 社会服务学院（School of Social Work）
17. 神学院（School of Theology）
波士顿大学提供超过250个不同的专业，包括戏剧、视觉艺术、传媒艺术、人文研究、跨学科研究、新闻学、传播学、统计学、化学、地理学、数学、物理、历史、政治、哲学、心理学、生物学、法律、医学、音乐、艺术、艺术教育、商业、亚洲研究、美洲研究、计算机科学、海洋生物学、体育、艺术教育、特殊教育、幼儿教育、小学教育等。其中，工程、大众传播、商科管理和心理学等专业被认为是波士顿大学的优势学科