东南大学在多个学科领域具有显著优势，以下是一些最强的学科：
A+类学科
建筑学
土木工程
交通运输工程
生物医学工程
艺术学理论
A类学科
电子科学与技术
软科2024世界一流学科排名中第一名
通信工程
“双一流”建设学科
机械工程
材料科学与工程
电子科学与技术
信息与通信工程
控制科学与工程
计算机科学与技术
建筑学
土木工程
交通运输工程
风景园林学
艺术学理论
一级学科国家重点学科
电子科学与技术
信息与通信工程
建筑学
交通运输工程
生物医学工程
二级学科重点学科
艺术学
热能工程
控制理论与控制工程
计算机应用技术
结构工程
国家重点（培育）学科
机械制造及其自动化
江苏高校优势学科建设工程二期项目立项学科（群）
哲学
应用经济学
机械工程
仪器科学与技术
动力工程及工程热物理
电气工程
化学工程与技术
环境科学与工程
城乡规划学
软件工程
医学技术
管理科学与工程
“十三五”江苏省重点学科
哲学
其他多个学科
这些学科在东南大学中具有较强的科研实力和学术声誉，涵盖了工、理、文、经、管、法、医等多个学科领域，为学生提供了广泛的学术和职业发展选择。