南京理工大学的热门专业包括：
1. 计算机科学与技术
2. 软件工程
3. 智能科学与技术
4. 自动化专业
5. 电子信息工程
6. 电子科学与技术
7. 探测制导与控制技术
8. 武器发射工程
9. 机械工程
10. 材料科学与工程
11. 化学工程与工艺
12. 安全工程
13. 电气工程及其自动化
14. 应用物理
15. 信息与计算科学
16. 工程力学
17. 土木工程
18. 光电信息科学与工程
19. 材料成型及控制工程
20. 工业设计
21. 国际经济与贸易
22. 信息管理与信息系统
23. 工业工程
这些专业中，计算机科学与技术、自动化专业、电子信息工程、机械工程、材料科学与工程等被多次提及，并在不同的排行榜中名列前茅。