云南边疆地区最好的大学排名如下：
云南大学
简称：云大（YNU）
性质：211工程、双一流大学
学科优势：民族学、生态学为A类学科
历史：始建于1922年，是中国西部边疆最早建立的综合性大学之一
昆明理工大学
简称：昆工
性质：省重点高校
学科优势：冶金工程、水利工程、建筑学为国家级特色学科
历史：创建于1954年，由昆明工学院和云南工业大学合并组建
云南师范大学
简称：云师大
性质：省部共建高校
学科优势：地理学、教育学在全国有较高排名
历史：历史悠久，由北大、清华等知名院校下设的师范学院独立出来
昆明医科大学
简称：昆医大
性质：集教学、医疗、科研为一体的高等医学院校
学科优势：口腔医学和药学为国家级特色专业
历史：自1993年起，在科研方面取得显著成就
以上排名根据历史数据和学科优势整理而来，具体排名可能会根据不同的评价标准和时间有所变化。云南大学作为边疆地区的重要高等教育机构，在人文社科和自然科学方面都有较强的实力。昆明理工大学和云南师范大学分别在工科和师范教育领域有显著优势。昆明医科大学在医学领域，特别是口腔医学和药学方面表现突出。