大学建设存在的不足可以从多个方面进行概述：
制度建设方面
计划性不足：制度建设归口管理部门事务繁杂，难以集中精力开展有计划的制度管理工作，多为临时性查漏补缺，缺乏全校统筹，难以保证制度体系的科学性与合理性。
监督机制缺乏：高校知识分子对制度化管理易产生排斥，部分制度本身也存在不科学等问题，导致执行效果不佳，且缺乏有效的监督手段和纠正措施，难以保障制度执行的严肃性。
规划性欠缺：由于缺乏有效工具与手段，高校难以对全校制度体系进行科学规划，制度数量多、重复性高、空白与交叉现象严重，部分院系自行建设的制度未经审核审批，违背统一性原则。
更新不及时：高校内部缺乏专门部门跟踪内外情况变化，及时督促制度主管部门优化完善制度，导致制度不符合管理要求。
师资队伍方面
综合素质有待提高：部分教师业务能力不强，敬业心、责任感欠缺，全局观念不足，教多科能力弱，难以适应新形势发展要求。
结构不合理：部分高校教师男女比例不协调，教育观念陈旧，知识老化，教学方法落后，骨干教师等梯队组成不完善。
稳定性不足：如一些独立学院因转设工作存在不确定性，导致师资队伍不稳定，辞职现象时有发生。
学科建设方面
交叉学科发展问题：学科定位不明确，院校层面交叉学科建设的规章制度缺失，交叉学科与学校优势特色学科等关系协调难，且其师资队伍、课程与教材体系等缺乏独立完备的理论体系，与服务行业的关系也有待平衡。
硬性办学条件
基本建设项目缺乏严格论证：大部分高等院校的基础设施多数是上世纪70年代末80年代初甚至更早年代建成的，随着时间的推移和高校招生规模的扩大，基础设施与现实需求已不相适应，许多设施已经十分陈旧与落后，为此，加快建设的步伐势在必行。但问题是先建什么，后建什么，如何去建，建成什么标准，很少进行严格论证，全凭长官意志。
校园规划有待加强与完善：过去的校园规划往往采用封闭办学的模式——校园内部宿舍、食堂、幼儿园、中小学一应俱全，大学作为一个“单位社会存在”。这种“小而全”的规划建设模式使得校园和城市的资源共享程度较低，而相互都出现硬件设施重复投资和建设的问题。
高校基本建设
认识不足：对于高校教育事业发展的规划和基本建设计划的重要性认识不足，很多建设项目没有严格按照学校建设总体规划和基本建设程序组织施工，缺乏相对稳定性和科学性。
法律法规意识淡薄：高校基建管理部门及相关人员的法律法规意识淡薄，没有严格按照制度要求和规范程序进行管理，以致于出现很多问题。
管理过程不够规范：由于高校基本建设具有特殊性，不仅技术要求高，而且时间紧、任务重，在具体的基建过程中，有不少管理人员凭经验办事，或者完全听从领导的指令，没有严格按照制度要求和规范程序进行管理。
大学文化建设
趋同化、边缘化、价值缺失：大学文化建设出现了诸如趋同化、边缘化、价值缺失等问题，这些问题直接关涉到大学自身的形象、品牌，牵涉到其所培养人才的质量、价值观等，甚至社会的发展方向。
高校政治建设
内容单一化：当前，很多高校的政治教育工作主要是以马克思主义理论为主线，学生主要学习和传授的是一些抽象的理论知识，缺乏与实际生活相结合的教育内容。
形式机械化：许多高校的政治教育往往是通过固定的课堂教学、宣传栏和活动等形式进行的，缺乏灵活多样的教学方式。
教师队伍建设不足：一些高校政治教育工作中，教师队伍建设薄弱是一个普遍存在的问题，高校政治教育需要专业化的教师团队来支撑和推动，但由于一些高校对政治教育工作的重视程度较低，招聘和培养政治教育专业教师的力度不够，导致一些政治教育师资力量不强，教学水平和教育质量有待提高。
高校教育信息化
认识不到位：存在认识不到位的问题，缺乏配套的政策支持和协作机制。
基础设施差：信息化基础设施差。
师资队伍素质偏低：师资队伍素质偏低。
经费投入不足：经费投入不足。
学习型大学建设
与学习型组织要求有差距：大学与学习型组织所倡导的终身学习、全员学习、合作学习等要求还有很大差距。