石河子大学提供多个专升本专业，其中包括但不限于以下几个：
水利水电工程专业
主要学习内容包括数学、力学和建筑结构等基本理论，以及工程设计、施工管理和科学研究方法。
培养目标为能在水利、水电等部门从事规划、设计、施工、科研和管理等方面工作的高级工程技术人才。
学制为2.5年。
机械设计制造及其自动化专业
旨在培养学生具备机械设计制造的基础知识与应用能力，能在工业制造领域内从事设计制造、科技开发、应用研究、运行管理和经营销售等方面工作。
学制为2.5年。
食品科学与工程专业
培养学生具有化学、生物学、食品工程和食品技术知识，能在食品领域内从事食品生产技术管理、品质控制、产品开发、科学研究、工程设计等方面工作。
学制为2.5年。
化学工程与工艺学专业
特色是工程特色显著，专业口径宽，使学生具有设计、优化与管理能力，并能在精细化学品、涂料及应用、高分子化工与工艺等方面进行研发和应用。
学制为2.5年。
管理学专业
主要学习现代管理科学的基本理论和基本知识，培养学生具有规划、协调、组织和决策方面的基本能力。
学制为2.5年。
临床医学专业
培养学生掌握基础医学理论和临床医学知识，以及一定的预防医学知识，具有一定的临床思维能力和临床实践能力。
学制为3年。
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