平潭县目前有两所大学：
福建信息职业技术学院平潭校区：
这是一所高职院校，位于平潭综合实验区坛西大道西侧、万宝路南侧，占地面积约500亩，建筑面积16万平方米，规划全日制在校生规模6000人。该校区于2011年5月动工建设，并于2013年秋季开始招生。
平潭海峡职业技术学院：
这是一所全日制普通高等职业技术学院，由福建省人民政府批准设立、教育部备案，由平潭综合实验区管委会举办。它是福建省高职院校分类评价A类院校，也是福建省唯一一所海岛高职院校。
另外，平潭大学正在筹建中，预计将由福建师范大学、福州大学、福建中医药大学等福建省重点建设高校联合台湾有关高校建成的二级学院组成。
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