器乐特长生在大学可以选择的专业主要包括：
西洋乐器表演
键盘乐器：钢琴、电子琴、手风琴、风琴等。
管弦乐器：小提琴、中提琴、大提琴、低音提琴、长笛、双簧管、单簧管、大管、圆号、小号、长号、大号、竖琴等。
民族乐器表演
拉弦乐器：二胡、板胡、京胡、马头琴等。
弹拨乐器：古筝、古琴、扬琴、阮、琵琶、柳琴等。
吹管乐器：笛子、箫、笙、葫芦丝、唢呐等。
打击乐器：梆子、木鱼、大鼓、套鼓、大锣等。
音乐学专业
音乐学理论、音乐新闻与评论、音乐治疗等。
音乐表演专业
声乐演唱、键盘、民族乐器、管弦乐器演奏等。
作曲及作曲理论专业。
录音艺术专业等。
此外，器乐生还可以选择如音乐教育、音乐治疗等专业，这些专业旨在培养符合社会需求的器乐演奏家、音乐教育者和音乐治疗师等专门人才。
不同的音乐学院和大学可能会有一些特定的专业设置，器乐生可以根据自己的兴趣和特长，以及目标院校的专业特点进行选择。