日本拥有科研经费的顶尖大学包括：
东京大学：
科研经费金额巨大，在多个学科领域都有很高的研究通过率和采纳数。
京都大学：
作为日本顶尖的研究型大学，在多个学科领域的研究项目通过率高。
大阪大学：
在理学和工学等领域有较高的科研补助基金。
东北大学：
被认定为“国际卓越研究大学”，获得了日本政府巨额的财政资助。
名古屋大学 、 九州大学、 北海道大学：
这些国立大学的科研经费也相当可观。
东京工业大学、 筑波大学、 庆应义塾大学：
这些也是科研经费较为充裕的日本大学。
科研经费的多少通常与大学的研究能力、学科优势、历史声誉等因素有关，并且可能受到日本政府科研政策的影响。