舟山市拥有以下本科大学：
浙江海洋大学
主管部门：浙江省教育厅
所在地：舟山市
办学层次：本科
备注：国家海洋局与浙江省人民政府共建的教学研究型大学，为全国首批学士学位授予高校。
浙江大学舟山校区
主管部门：教育部
所在地：舟山市
办学层次：本科
备注：浙江大学整体办学的一部分，主要承担浙江大学海洋科学和海洋工程学科的教育。
浙江海洋大学东海科学技术学院
主管部门：浙江省教育厅
所在地：舟山市
办学层次：本科
备注：民办性质，与浙江海洋大学相关联。
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