马格德堡拥有两所主要的高等教育机构：
马格德堡大学（Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg, OVGU）
成立于1993年。
合并了马格德堡工业大学、马格德堡教育学院和马格德堡医学院。
拥有9个学院，约14000名在校学生。
主校区位于马格德堡市中心，还有文学院校区和医学院校区。
在计算机科学、经济科学、机械制造和医学领域享有盛誉。
马格德堡应用技术大学（Hochschule Magdeburg-Stendal）
成立于1991年。
有5个学院位于马格德堡校区，2个学院位于斯旦达尔校区。
提供约50个专业供学生选择。
学生人数约为6600名。
这两所大学都位于德国马格德堡市，是该市教育和研究的中心