东南大学是在以下学校合并的基础上组建的：
原东南大学
2000年，原东南大学与南京铁道医学院、南京交通高等专科学校合并，南京地质学校并入，组建新的东南大学。
南京工学院
1952年，全国高校院系调整，以原南京大学的工学院为主体，合并其他院校相关院系，成立南京工学院。
南京铁道医学院
2000年，与原东南大学、南京交通高等专科学校合并。
南京交通高等专科学校
2000年，与原东南大学、南京铁道医学院合并。
南京地质学校
2000年，并入新的东南大学。
复旦大学、交通大学、浙江大学、金陵大学等校的相关科系
1952年，以原国立中央大学工学院为主体，这些学校的有关科系并入，建立了南京工学院。
这些合并事件使东南大学在综合性大学的地位得到了进一步强化，并在2017年入选世界一流大学建设A类高校名单。