军事交通大学（中国人民解放军陆军军事交通学院）的专业设置如下：
军事交通指挥与工程：
培养从事铁路、水路、航空军事交通运输指挥和保障管理的指挥军官。
装备保障指挥：
培养从事车辆技术勤务保障指挥、组织训练和日常管理的初级指挥军官。
机械工程及其自动化：
培养从事军用机械装备使用、维修、监造、研究和管理的工程技术干部。
指挥自动化工程：
培养从事军事交通和汽车运输组织指挥的管理干部。
管理工程：
培养从事部队车辆器材筹措与供应、防护与包装、保管与检验的管理干部。
系统工程：
培养从事军用物资的管理、装卸、供应及装运机械系统设计的军事物流工程技术干部。
物流管理与工程类 （军事物流管理）：只招女生。军事交通工程
（运输投送指挥）：只招男生。
无人装备工程（汽车分队指挥）：只招男生。
作战指挥（汽车分队指挥）：只招男生。
车辆工程：
培养具备汽车分队装备运用、组织指挥、组训管理等基本任职能力的初级指挥军官。
航海技术：
主要培养方向为舰艇航通指挥和岸滩卸载转运。
轮机工程：
培养方向为军用船舶动力系统的设计、制造和维护。
这些专业涵盖了军事交通运输的各个方面，旨在培养具备专业知识和技能的指挥和工程技术人才，以适应现代军事物流和作战指挥的需求。建议根据个人兴趣和职业规划，选择合适的专业进行报考。