南京最好的药科大学排名如下：
中国药科大学
排名：第一名
简介：中国药科大学是教育部直属的211工程高校，也是国家双一流建设大学。它位于江苏南京，前身为国家药学院，成立于1936年，是中国最早的高等药学学府之一，在医药行业享有较高声誉。
南京中医药大学
排名：第二名
简介：南京中医药大学是国家双一流大学和江苏省高水平大学，由江苏省人民政府和国家中医药管理局共同建设。它成立于1954年，是中国最早的高等中医药院校之一，被誉为“中国中医高等教育的摇篮”。
南京医科大学
排名：第三名
简介：南京医科大学是教育部、国家卫生计生委、省政府联合组建的首批医学院之一，也是江苏省的一所高水平大学。学校成立于1934年，拥有25家附属医院，遍布江苏、上海等地。在教育部第四轮的学科评估中，南京医科大学的公共卫生与预防医学获得A+，基础医学、临床医学、口腔医学、护理学获得B+。
建议：
如果你希望选择药学领域的顶尖高校， 中国药科大学无疑是首选，它在药学和中药学方面的实力全国领先。
如果你对中医药感兴趣， 南京中医药大学是一个非常好的选择，它在中医药教育和研究方面有着悠久的历史和显著的贡献。
对于希望从事医学相关职业的学生， 南京医科大学的综合实力和附属医院数量使其成为一个非常有吸引力的选择。