东京大学的专业设置非常丰富，涵盖了自然科学、工程学、人文社会科学和医学等多个领域。以下是东京大学的主要专业设置：
医学部
医学
健康护理学
脑研究实验室
医学电子实验室
声音语言医学实验室
实验动物饲养室
两所附属医院
工学部
土木
机械
电子
船舶
航空
原子能
资源
金属
材料
应用化学
应用物理
计算
工程基础系
原子能工程研究和综合试验场
理学部
数学
信息科学
物理
天文
地球物理
化学
生物化学
生物科学
地学
临海实验场
植物园
基本粒子物理国际中心
光谱化学研究中心
地壳化学研究室
天文学教学研究中心
法学部
民主
公法
政治学
外国法文献中心
近代日本法政史资料中心
文学部
文学
史学
语言学
行动学
文化交流
北海文化研究
经济学部
经济学
经营学
日本产业经济研究室
农学部
农业生物学
农业化学
林业学
水产学
农业经济学
农业工程
兽医学
林产学
农场
实习林场
牧场
兽医院
水产实验场
绿地植物实验场
教育学部
综合教育科学
学校教育高度化
附属中等教育学校
药学部
药学
制药化学
药用植物园
其他研究科和学科
理学系研究科
工学系研究科
经济学研究科
医学系研究科
药学系研究科
情报理工学系研究科
教育学研究科
法学政治学研究科
农学生命科学研究科
情报学环·学际信息学府
这些专业不仅为学生提供了广泛的学术选择，还通过附属设施和研究机构为学生提供了丰富的实践和研究机会。东京大学的专业设置体现了其作为日本顶尖教育机构的全面性和前沿性。