清华大学的一些被普遍认为存在瓶颈的专业包括：
生物工程：
生物工程专业的就业市场不景气，工作机会少，且薪资水平较低。毕业生面临的工作压力较大，且由于行业限制，有时感到无所适从。
化学工程：
化学专业的满意度较低，虽然就业面广泛，但由于科技含量高，对员工的技术和科研水平要求较高，导致该专业在清华并不受欢迎。
环境科学：
环境科学专业同样面临就业市场萎缩的问题，相关岗位减少，毕业生在求职时面临诸多挑战。此外，收入水平和工作压力也是不可忽视的因素。
材料科学：
材料科学专业的工作机会较少，需求逐年下降，导致毕业生在就业市场上难以找到满意的工作。
核工程与核技术：
虽然核能与核技术的运用越来越广泛，但该专业的学习难度较大，且由于涉及的技术超前和自动化程度高，导致学习该专业的人才较少。
制造自动化与测控技术：
该专业覆盖面广，但清华学子对其兴趣不高，可能是因为专业本身不热门或其他原因。
交通运输工程：
在教育部第四轮学科评估中，清华大学交通运输工程被评为C-，表明该专业的实力相对较弱。
心理学：
心理学在第四轮学科评估中被评为C-，清华大学在该专业的实力相对不强，报考热度也较低。
大气科学：
大气科学在第四轮学科评估中仅获得C+，是一个冷门专业，虽然清华大学的大气科学专业一般，但相对于其他院校还是有一定优势的。
科学技术史：
科学技术史专业在第四轮学科评估中获得了C+，但该专业目前最好的院校是北京科技大学和中国科学技术大学，清华大学在该专业的实力相对较弱。
这些专业的瓶颈主要表现在就业市场不景气、薪资水平低、工作压力大以及行业前景不明朗等方面。建议学生在选择专业时，可以综合考虑自己的兴趣和职业规划，避免选择这些存在明显瓶颈的专业。