日本大学在世界大学排名中相对较低的原因可以归纳为以下几点：
规模较小：
日本大学的师生人数相对较少，导致每年发表的论文数量较少。
国际化不足：
日本大学在国际化方面动力不足，国际教师和国际学生比例较低。
论文输出不足：
日本大学偏重职业训练，学术论文输出不足，且多用日语撰写，向国际刊物投稿的频率较低。
研究能力下降：
与海外大学相比，日本大学在创造研究环境和培养学生及年轻研究人员方面存在资金和财政上的差距。
资金不足：
日本国家教育预算占国内生产总值的百分比较低，影响大学的科研经费投入和基础设施建设。
排名指标局限：
一些国际排名规则可能不完全适合日本的教育体系，例如偏重理科论文的引用次数，使得人文社科类专业较多的日本大学处于不利地位。
语言障碍：
日本大学以日语授课，这限制了国际学生和教授的参与。
评价标准偏差：
排名标准可能不完全适合日本的教育体系，导致日本大学在某些方面处于劣势。
教育理念和体制的保守性：
日本大学的教育理念和体制相对保守，缺乏国际化水平。
就业环境：
就业环境也可能是影响排名的因素之一，日本大学的就业率可能不如一些国际大学。
这些因素综合作用，导致日本大学在世界大学排名中表现不如一些国际知名的大学。