坪山区目前有以下几所知名的大学：
深圳技术大学
是一所本科院校，位于坪山东部的石井片区。
2017年开始招生，设有6个学院、7个专业，共招收500名本科生。
北京中医药大学深圳校区
是新中国最早成立的高等中医院校之一，也是唯一进入国家“211工程”建设的高等中医药院校。
深圳校区的招生录取分数线和学位授予标准与北京校区一致。
中国药科大学
是一所专注于药学的高等教育机构。
深圳大学—希伯来学院
提供国际化的教育资源和环境。
此外，坪山区还有华南最好的口腔医院——广东省口腔医院深圳医院，澳大利亚莫纳什大学国际技术转化中心，以及澳门科技大学中药学院实习基地等教育机构