石河子市拥有多所高等教育机构，其中包括：
石河子大学
综合性大学，包含多个学院和学科，如化学化工学院、机械电气工程学院、水利建筑工程学院、食品学院、信息科学与技术学院（网络空间安全学院）、农学院、动物科技学院、医学院、药学院、生命科学学院等。
国家“双一流”建设高校，国家211工程重点建设高校。
石河子职业技术学院
以职业教育为主，主要培养应用型技术人才。
新疆石河子职业技术学院
公办高等职业技术学院，由石河子市原职工大学、商业职工中专学校和职业中专学校三所学校合并组建而成。
石河子工程职业技术学院
公办高等职业院校，隶属于新疆生产建设兵团教育局管理。
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