入驻深圳大学城的高校有五所，分别是：
清华大学深圳研究生院：
直属清华大学，只招收研究生入学，是清华大学在异地设立的唯一一所办学机构。
北京大学深圳研究生院：
也叫南国燕园，只招收研究生入学，是北京大学设立在深圳，目标建设世界一流国际化学校的试验田。
中国科学院深圳先进技术研究院：
建立于2006年2月，下设有多个研究机构。
哈尔滨工业大学深圳分校：
由哈工大与深圳市政府合作共建，前身是始建于2002年的哈工大深圳研究生院。
南方科技大学：
由广东省领导和管理的全日制公办普通高等学校，目标是迅速建成国际化高水平研究型大学。
此外，最近一个月内又有三所“双一流”高校落户深圳，包括兰州大学、电子科技大学和华南农业大学，它们分别在深圳签署合作协议、招标、启动新址。