菏泽学院的本科专业目录如下：
财务会计类
大数据与会计
城乡规划与管理类
城乡规划
地理科学类
人文地理与城乡规划
电气类
电气工程及其自动化
电子商务类
电子商务
电子信息类
电子信息科学与技术
电子信息工程技术
应用电子技术
土木类
土木工程
环境科学与工程类
环境科学与工程
能源化学工程类
能源化学工程
化学工程与工艺类
化学工程与工艺
化学类
化学
智能制造工程类
智能制造工程
自动化类
自动化
材料成型及控制工程类
材料成型及控制工程
经济学类
经济学
金融学类
金融工程
法学类
知识产权
马克思主义理论
教育学类
特殊教育
小学教育
中国语言文学类
汉语言文学
外国语言文学类
英语
日语
商务英语
新闻传播学类
新闻
建筑类
建筑学
安全科学与工程类
安全科学与工程
海洋科学类
人居环境科学与技术
海洋资源与环境
地球物理学类
地球物理学
生物工程类
生物工程
空间科学与技术类
空间科学与技术
资源与环境经济学类
资源与环境经济学
地质学类
地质学
公安技术类
公安技术
31. 农学类
植物科学与技术
种子科学与工程
32. 心理学类
心理学
33. 设施农业科学与工程类
设施农业科学与工程
34. 应用生物科学类
应用生物科学
35. 力学类
理论与应用力学
36. 自然保护与环境生态类
自然保护与环境生态
37. 机械类
机械设计制造及其自动化
38. 经济与贸易类
国际经济与贸易
39. 财政学类
财政学
40. 统计学类
统计学
41. 力学类
力学
42. 机械类
机械工程
43. 自然保护与环境生态类
自然保护与环境生态
44. 水利类
水利水电工程
45. 环境科学与工程类
环境科学与工程
46. 材料类
材料科学与工程
47. 计算机类
计算机科学与技术
48. 管理科学与工程类
管理科学与工程
49. 工商管理类
工商管理
50. 市场营销类
市场营销
51. 会计学类
会计学
52. 财务管理类
财务管理
53. 人力资源管理类