美国金门大学共设置了四个院系，分别是商学院、税务学院、法学院和信息科技学院，提供以下专业课程：
商学院
本科：艺术管理、商业管理、会计、信息技术
硕士：行政公共管理（EMPA）、商业管理（MBA）、会计（MBA）、电子商务（MBA）、金融（MBA）、信息管理（MBA）、管理（MBA）、国际商务（MBA）、市场营销（MBA）、物流管理（MBA）
证书课程：财务规划、人力资源、营销心理、供应炼运作、公共行政等
税务学院
本科：艺术管理、商业管理、会计、信息技术
硕士：会计、心理学、商业管理、金融、财务策划、人力资源管理、信息技术、综合类市场营销（共关营销）、市场营销、税务
证书课程：税务、国际税务、房地产、进修税
法学院
学位课程：法学博士（JD）、法学硕士（LLM）
信息科技学院
本科：艺术管理、商业管理、会计、信息技术
硕士：信息技术（MS）、人力资源管理（MS）
这些专业涵盖了商学、法律、信息技术和心理学等领域，与社会需求紧密结合，特别是在商学硕士专业方面，是全美最受欢迎的商学研究院之一，毕业生就业率高达100%。