安全工程师的认证通常由以下机构进行：
国家安全监管部门
国家安全生产监督管理总局（现为应急管理部门）。
国家信息安全漏洞管理与应急响应中心。
认证机构
中国计算机技术人才认证中心。
中国信息安全测评中心。
全国信息安全测评认证中心。
全国网络安全测评认证中心。
行业协会与培训机构
知名的行业协会、安全公司、培训机构等也可以提供安全工程师的培训和认证服务，但这类证明的权威性可能不如国家安全监管部门或认证机构颁发的证明高。
建议
选择官方认证机构：优先选择国家安全监管部门或官方认证的认证机构进行认证，以确保证书的权威性和有效性。
了解本地考试和认证流程：不同地区的考试和认证流程可能有所不同，建议提前了解并遵循当地相关部门的具体通知和要求。
参加专业培训：可以考虑参加专业的安全工程师培训课程，以提高考试通过率并获取更全面的知识和技能。