目前，从市场需求和前景来看， 土木建筑工程专业的监理工程师证书含金量最高。以下是详细分析：
市场需求量
土木建筑工程的需求量最大，是找工作时最吃香和有发展前景的专业。
专业负责部门
土木建筑工程专业由住房和城乡建设部负责，交通运输工程专业由交通运输部负责，水利工程专业由水利部负责。
未来发展趋势
虽然目前土木建筑工程专业的监理工程师证书含金量最高，但随着国家大力发展交通运输工程和水利工程，这两个专业的含金量也将逐年提升。
考试科目
土木建筑工程、交通运输工程、水利工程三个专业的考试科目有所不同，但公共科目都包括《建设工程合同管理》和《建设工程监理基本理论和相关法规》，专业科目包括目标控制和案例分析。
综上所述，建议考生根据自身实际情况选择专业，目前土木建筑工程专业的监理工程师证书含金量最高，但未来交通运输工程和水利工程的发展潜力也不容忽视。