关于劳动仲裁二级建造师证书的问题，以下是一些关键点：
劳动关系的存在与否
如果你与施工单位存在劳动关系，那么你可以通过申请劳动仲裁来解决证书挂靠到期后施工单位拒绝归还的问题。
如果你与施工单位没有劳动关系，而是通过中介或其他方式挂靠证书，那么这种情况通常被视为违法行为，你可以直接起诉。
协商与投诉
在采取法律行动之前，建议首先尝试与用人单位协商解决。如果协商无果，可以向劳动监察部门投诉，寻求行政援助，或者直接提起劳动仲裁。
挂靠行为的法律性质
挂靠二级建造师证书本身是违法的。如果申请劳动仲裁，可能会被视为自己举报自己挂靠，导致注册证被吊销，并且可能在3年内无法再次考取建造师证。
证据的重要性
无论采取哪种方式，提供充分的证据来支持你的主张都是非常重要的。这包括但不限于劳动合同、挂靠协议、工资单、社保缴纳记录等。
行政与法律途径
如果劳动仲裁无法解决问题，你还可以向企业所在地的市级建设行政主管部门投诉，甚至向省级住房和城乡建设厅行政审批中心投诉，申请强制变更注册或注销注册。
建议
协商解决：首先尝试与施工单位协商，看是否能够友好解决证书归还问题。
收集证据：整理所有与挂靠关系和劳动关系相关的证据，以备不时之需。
法律咨询：在采取任何行动之前，咨询专业的法律人士，获取详细的法律意见。
选择途径：根据自身情况选择最合适的法律途径，如劳动仲裁或直接起诉。
希望这些信息能对你有所帮助。