专业监理工程师在审核各类施工文件时，需要遵循以下步骤和意见：
施工组织设计报审表
符合要求：施工组织设计审批手续齐全，内容完整；总体施工方案合理、可行，满足施工总进度计划要求，质量、安全文明施工、环保措施得当。同意按此实施。
不符合要求：指出具体问题并给出修改意见，如施工步骤不详细、施工时间不合理、资料审查不完整等。暂不同意按照该施工组织设计进行施工，待修改完善后再报审。
工程开工报审表
符合要求：工程各项开工准备充分，相关报审工作已全部完成，具备开工条件。同意开工。
不符合要求：由于某些条件不具备，不同意开工，要求尽快落实后报审。
工程复工申请表
符合要求：承包单位采取了针对性的整改措施，停工因素已全部消除，证明文件齐全、有效，具备复工条件。同意复工。
分包单位资质报审表
符合要求：分包单位资质满足要求，分包范围符合国家法律法规、南网有关规定、工程承包合同约定以及承包单位在投标书中的承诺。同意分包。
不符合要求：指出具体问题，如分包单位资质不符、业绩不佳等。不同意分包。
施工进度计划报审表
符合要求：报审表内容完整、规范，符合施工合同要求，施工任务、时间、负责人及其他相关要求描述明确。施工步骤详细，施工时间合理，资料审查、安全措施、质量控制等内容完整。责任分工明确。同意按此施工进度计划进行施工。
专项施工方案
符合要求：内容全面，方法制定合理，具有针对性和可操作性，质量、安全等保证措施齐全。同意上报审批。
建议
详细审查：专业监理工程师在审核施工文件时，应仔细审查每一项内容，确保其符合相关规范和标准。
明确意见：对于符合要求的施工文件，应明确给出同意的意见，并建议总监理工程师审核。
指出问题：对于不符合要求的施工文件，应详细指出具体问题，并给出具体的修改意见，确保施工单位能够及时修正并重新报审。
责任明确：在审核过程中，应明确各部门、各单位的职责和责任，确保施工过程中各个参与方能够明确自己的责任和任务。
通过以上步骤和意见，专业监理工程师可以有效地确保施工文件的合规性和施工过程的质量、安全。