环境监理工程师证书的发放单位主要有以下几种：
国家环保部门或其授权的考试机构
环境监理工程师证书一般由国家环保部门或其授权的考试机构发放。具体可咨询当地环保局或官方网站查询。
住房和城乡建设部
根据公职人员管理条例的规定，获得监理工程师证书的，由住房和城乡建设部颁发证书。
交通运输部、水利部、人力资源社会保障部等相关部门
监理工程师资格证主要由住房和城乡建设部、交通运输部、水利部、人力资源社会保障部等相关部门共同颁发。这些部门按照职责分工，分别负责监理工程师职业资格制度的实施与监管。
地方环保行政部门
目前，我国的发证单位分为两大类：第一类是由地方环保行政部门自行设立的，主要面向地方性的环保项目；第二类是由专业的发证机构负责，主要面向大型工程项目、复杂的环保案件和跨境环保活动。
专业发证机构
这些机构负责面向大型工程项目、复杂的环保案件和跨境环保活动的证书发放。
行业协会
例如，广东省环境保护产业协会发布关于建设项目工程环境监理能力评价证书获证单位名单。
综上所述，环境监理工程师证书的发放单位可能是国家环保部门或其授权的考试机构、住房和城乡建设部、交通运输部、水利部、人力资源社会保障部等相关部门，或者是地方环保行政部门和专业发证机构。建议您在申请或查询环境监理工程师证书时，选择正规透明的渠道，以获得准确的信息。