文件监理工程师在批复文件时，应遵循以下步骤和原则：
审核施工技术方案
签认时间应与开工报审及施工单位报审时间相对应，监理签字顺序及资格应符合监理规范要求。
明确监理审核的次数，以突出监理的控制工作过程。无意见时批语为“经*次审核，同意按此执行”。
若方案问题不多，无需作重大或较多的修改，监理认为需补充的意见不多时，可采用“经*次审核，原则同意 ，但应按以下意见一并执行，1）､…2）､……”等词句。
若存在问题较多，需做重大或较多的修改补充时，批语为“经*次审核，你方申报的 ，内容不完善，不能满足施工要求，不同意按此指导施工；请贵方按监理要求（书面意见另附）修改，于××年××月××日前重新申报｡”应将具体的意见说明（批复表写不下可附页）。
签认时还应注意有无涉及费用、工期增加，强调涉及费用、工期增加应按合同约定处理。
审核施工进度计划
审查进度计划，确保其符合合同要求和项目实际情况。
检查关键路径，确保承包商已经充分考虑了关键工序的时间和资源安排。
验证资源分配，确保承包商在进度计划中分配的资源是否合理，包括人力、物资和设备等方面。
提出修改建议，并及时提出问题和解决方案。
批复进度计划，确认其为项目的正式进度计划，并进行监督实施。
审核其他相关文件
材料/中间产品进场报验单、施工设备进场报验单等，按审核情况填写不同意理由，如缺合格证、质量证明文件、无落地验收、复检等。
工程预付款申报表，审核分包项目、分包人资质等是否符合施工合同规定。
批复意见用语
同意：“经复查停工令所提问题已处理完毕，满足工程质量（工艺流程）要求条件，同意于××年××月××日复工”。
不同意：“经审核，该《施工组织设计》中施工技术方案不可行，工期安排不合理，施工管理组织机构设置及人员分工不明确，施工保证措施不得力，进场人员、设备不满足施工要求，不同意按此施工组织设计控制、指导施工”。
最终批复
监理工程师对修改后的方案进行再次审核，并最终批复施工方案。
通过以上步骤和原则，文件监理工程师可以确保批复文件的科学性、合理性和有效性，从而保障工程项目的顺利进行。