监理工程师在处理工程质量问题时的程序如下：
判断问题严重程度
监理工程师首先应对发现的工程质量问题进行初步评估，确定其严重程度和对工程整体的影响。
签发《工程暂停令》
对于需要加固补强或影响后续工序和分项工程质量的质量问题，监理工程师应签发《工程暂停令》，要求施工单位暂停相关部位及其关联部位的施工，并采取必要的防护措施。
质量问题调查
施工单位在接到《监理通知》后，应在监理工程师的组织和参与下，迅速进行质量问题调查，并完成报告编写。
审核分析报告
监理工程师需审核和分析质量问题调查报告，确认问题产生的原因，并对处理方案进行认真审核和签认。
处理方案实施与验收
在原因分析的基础上，监理工程师应审核签认处理方案，并监督施工单位按方案实施。处理完成后，需重新进行验收，确保问题得到彻底解决。
沟通与协调
监理工程师在整个处理过程中，需要与施工单位、设计单位、建设单位等相关方保持密切沟通，确保问题处理的高效和准确。
记录与追溯
监理工程师应详细记录问题处理的过程和结果，以备后续追溯和评估使用。
通过以上程序，监理工程师能够确保工程质量问题的及时、有效处理，从而保障工程的整体质量和安全。