监理工程师在发现安全隐患时，应按照以下步骤进行处理：
立即制止并通知整改
监理工程师在发现安全隐患时，首先应立即制止有问题的施工行为，并书面通知施工单位在限期内进行整改。对于较大的安全隐患，必须要求承包人停工整改，并及时向业主及质安站汇报。
记录和报告
监理工程师需要对隐患进行详细记录和照片证明，以便准确、全面地向项目管理者和施工单位反馈。同时，利用工管软件可以帮助快速、有效地收集和传输数据，让相关人员能够立即了解问题的严重程度和紧迫性。
跟踪和协调
监理工程师应积极协调与沟通，根据安全管理规定，启动安全隐患的排查和整改程序，跟踪隐患的处理进展，直至问题完全解决。在整个过程中，流程管理的运用极其关键，能确保所有环节有序进行，不遗漏任何一项重要的任务。
签发监理通知单
当发现工程施工安全隐患时，监理工程师应签发《监理通知单》，要求施工单位开展整改。施工单位提出整改方案后，需填写《监理通知回复单》报监理工程师审核。
上报和停工
如果施工单位在限期内未能完成整改，或者拒绝整改，监理工程师应立即向建设单位及质安站报告。对于重大安全隐患，还必须要求承包人停工整改，并及时报告给相关主管部门。
总结和评价
工程竣工后，监理工程师应在监理总结中对工程的安全状况进行评价，以确保工程质量和安全符合要求。
通过以上步骤，监理工程师可以有效处理安全隐患，确保施工现场的安全，防止事故发生，保障工程质量和工人生命安全。