二级建造师资格证书并不会因为未注册而作废。根据相关规定，二级建造师资格证书是长期有效的，并且实行注册执业管理制度。取得资格证书的人员必须在注册后才能执业。如果资格证书超过三年未注册，持证者需要提交继续教育证明才能重新注册。
资格证书有效期：
二级建造师资格证书是长期有效的，不需要更新。
注册要求：
取得资格证书后，必须在三年之内申请初始注册。如果超过三年，持证者需要满足继续教育条件才能申请注册。
作废条件：
通常，二级建造师资格证书作废的条件包括未在规定时间内完成继续教育学时、违反职业道德或执业纪律、连续两年没有参加年检等。
作废程序：
如果需要作废资格证书，持证者需要向注册机构提交作废申请，并遵循相应的程序。
需要注意的是，如果二级建造师存在违规作弊、信息不实或其他违法行为，其证书可能会被取消或吊销。