二级建造师证书作废可能由以下原因引起：
证书过期
证书有效期一般为三年，持证人需要在到期前三个月内申请延续注册。
过期后，持证人需重新参加资格考试以获取新的证书。
违规操作
如有违反法律法规或职业道德的行为，如伪造资质、行贿等，证书可能会被吊销。
吊销后，持证人需接受处罚，并在期满后重新参加考试获得证书。
自愿注销
持证人也可以选择自愿注销其证书，通常发生在不再从事相关职业或希望变更专业领域时。
注销程序包括提交注销申请和相关证明材料。
信息错误
如果证书上的个人信息有误，持证人可以向发证机关提出更正申请。
错误严重可能影响证书效力时，可能需要作废原证书并申请新证。
遗失或损毁
证书遗失或损毁时，持证人应尽快向发证机关报告，并申请补发新证。
补发前，原证书将被视为作废。
其他原因
包括企业注销、死亡或丧失民事行为能力等。
作废流程通常包括：
1. 确定作废原因。
2. 准备相关材料，如身份证、注册证书、注销申请书等。
3. 提交申请给发证机关。
4. 发证机关审查并备案注销。
注销后，持证人可以在满足条件后重新申请注册。需要注意的是，具体流程和要求可能因地区而异，建议咨询当地建设主管部门获取详细信息