监理工程师费用结算流程通常包括以下几个步骤：
监理预付款支付
在监理单位提供履约保函后30日内，业主可向监理单位支付监理服务合同总价的10%作为预付款。
监理单位需填写《监理预付款支付申请表》，并附上合同协议书、履约保函和资金使用计划，一式三份分别报项目管理公司财务合同部和项目公司财务合同部审核。
审核通过后，填报《预付款审批表》，经项目管理公司领导审批，由项目公司财务合同部向监理单位拨付预付款。
预付款在监理费累计支付达到“中标价格”的30%时开始抵扣，抵扣基数为当季监理费完成金额，具体比例按合同规定执行。
监理费用支付管理
监理费用支付包括预付款、进度款和最终结算款。预付款在进度款支付中逐步扣回，最终结算款在工程竣工并通过验收后支付。
承包商需定期提出付款申请，填报月报表，说明应得款项。工程师对付款申请进行全面审核，修正不合理部分，计算付款净金额，并扣除保留金、动员预付款、材料设备预付款、违约罚金等。
业主在收到工程师签发的付款证书后，按合同规定时间支付给承包商。
结算审核阶段
结算审核包括资料搜集、算量、编制结算工程量清单、调差等步骤，最终提交给监理审核。
监理需对竣工资料完整性进行审核，包括合同、施工图、竣工图、签证变更的审批情况等，并确认最终结算价。
若涉及政府投资，可能还需经过财政部门审计。
费用结算完成
在完成上述所有步骤后，监理工程师和业主将最终结算款支付给监理单位，完成整个费用结算流程。
建议在实际操作过程中，各方应严格按照合同约定和内部审批流程进行，确保费用结算的准确性和及时性。