监理工程师回复联系单时，应当遵循以下步骤和注意事项：
项目经理签字并盖项目章
回复单首先需要由项目经理签字，并加盖施工单位的项目章。这是为了确认回复单的内容和施工单位对回复事项的责任。
监理工程师签字并盖监理公司章
监理工程师在审阅回复单并确认无误后，需要在回复单上签字，并加盖监理公司的公章。这一步骤代表监理公司对回复内容的认可和对施工单位的回应。
正规程序
具体操作步骤为：先拿着回复单找项目经理盖上施工单位的章子，然后找专业监理（专监）盖上监理公司的章子。确保所有步骤按照正规程序进行，以保证回复单的合法性和有效性。
总结：
监理工程师在回复联系单时，必须确保由项目经理签字并加盖项目章，然后由监理工程师签字并加盖监理公司章。这一过程需要严格按照正规程序操作，以确保回复单的合法性和有效性。