安全工程师证书的注销申请流程如下：
提交注销申请
申请人需要向发证机关提交书面申请，说明注销原因。
申请可以通过邮寄或亲自到发证机关办理，也可以在线提交申请。
准备相关材料
申请人需要提供个人身份证件原件及复印件。
若注册证原件遗失，则需要补办，补办申请也需原注册单位签字盖章并邮寄初审机构。
等待审核
提交申请后，需要等待发证机关对提交的材料进行审核。
审核通过后，发证机关会通知申请人注销结果。
注销完成
审核通过后，注销手续即完成，申请人将不再持有该证书。
建议申请人在办理注销手续前，先咨询当地相关部门或人事考试机构，了解具体的流程和所需材料，以确保注销过程顺利进行。