造价工程师考试如果缺考一门科目，那么该科目的成绩将不会被计入总成绩，相应的报名费用也不会被退回。根据考试规定，如果考生在一个考试年度内缺考，那么缺考的科目成绩无效，但不会影响其他已经通过的科目成绩。
对于连续的考试年度，如果考生在一个考试年度内缺考，那么在接下来的连续两个考试年度内，即使之前已经通过部分科目，再次参加缺考的科目考试，成绩也是无效的。
需要注意的是，一级造价工程师考试成绩实行滚动管理，四年为一个周期的滚动管理。如果考生在第一年缺考，那么需要在接下来的连续三个考试年度内通过全部科目，才能在第一个考试周期内考试合格。
简而言之，缺考一门科目会导致该科目成绩无效，并且可能会影响考生在接下来的考试年度内的成绩有效性，因此建议考生除非有特殊情况，否则应尽力参加考试