在建筑工程结算中，甲供材料（即由甲方提供的材料）的扣除方式通常遵循以下原则：
按原价扣除：
甲供材料在结算时通常按照其在预算造价中的原价进行扣除，其他费用如人工费、机械费等不包含在内。
综合单价体现：
根据国家标准GB50500—2003《建设工程工程量清单计价规范》，甲供材料应计入投标报价中，并在综合单价中体现。
保管费用：
施工单位在计算甲供材料费用时，可能会加上甲供材料的保管费。
计算基数调整：
在工程造价的计算中，可以通过调整计算基数来扣除甲供材料费用。例如，在人材机汇总界面设置供货方式后，可以将甲供材料的费用从总造价中减去。
退款计算：
甲供材料退款额的计算应基于市场信息价（合同价）除以（1+采购保管费率），退款时通常不计算规费和税金。
数量计量：
甲供材料数量通常按照甲方实际提供的数量来确定，可能存在与定额用量的差异。
请注意，具体的扣除方式应遵循合同中的约定，如果合同中没有明确规定，则需要甲乙双方协商确定。