二级建造师资格证书的发证机关存在一定的差异和不同之处：
国家层面
根据《建筑法》和《建筑法实施条例》，二级建造师资格证书是由国家住房和城乡建设部门颁发的。
地方层面
具体由各省、自治区、直辖市的建设行政主管部门负责，包括省级、市级和地方县区级的建设行政主管部门。
另外，有些情况下，二级建造师资格证书的发放还可能涉及当地省人力资源和社会保障厅。
证书类型
二级建造师资格证书分为资格证书和注册证书，前者由当地省人力资源和社会保障厅颁发，后者由当地省住房和城乡建设厅颁发。
领取方式
纸质证书一般由各地区人事考试中心或住建厅负责发放。
电子证书则不需要到现场领证，考生可以登录各地区人事考试中心或住建厅网站，自行打印证书。
综上所述，二级建造师资格证书的发放机关既包括国家层面的住房和城乡建设部，也包括地方层面的各省、自治区、直辖市的建设行政主管部门及人力资源和社会保障部门。具体发放工作可能由各地的建设行政主管部门或其授权的机构负责，并且证书分为资格证书和注册证书两种，领取方式包括现场领取和电子证书打印两种。
建议考生在获取二级建造师资格证书时，明确所在地区的具体政策和流程，以确保顺利领证。