造价工程师在处理预付款结算时，需要遵循以下步骤和原则：
预付款的支付额度
百分比法：通常为签约合同价（扣除暂列金额）的10%至30%。
公式计算法：工程预付款数额 = （年度工程总价 × 材料比例（%）） / 年度施工天数 × 材料储备定额天数。此外，措施预付款也有相应的支付比例。
预付款的扣回
预付款扣回方法：预付款在工程进度款中进行抵扣，具体扣回比例和起始时间需按合同约定执行。通常，当工程月产值达到一定金额时，开始扣回预付款，具体金额和扣回比例需仔细查阅合同条款。
扣回时注意事项：预付款的扣回应先计算应支付金额，再乘以每次应得款的支付比例（如90%），然后减去预付款。注意避免因月度付款未达到某一金额而影响预付款的扣回。
预付款结算的其他要点
预付款的拨付时间和方式：预付款的数额和拨付时间应以合同专用条款中的约定为准。一般情况下，预付款应在合同签订后的一个月内或不迟于开工日期前的7天内支付。
违约责任：若业主未按约定预付工程款，承包商有权在预付时间到期后10天内发出通知，若业主仍不支付，承包商可停止施工，并要求支付应付款的利息。
预付款的用途：预付款必须专用于合同工程，不得挪作他用。预付款的扣回和还清应在颁发工程接收证书前完成，若因不可抗力或其他原因解除合同，预付款尚未扣清的余额应作为承包人的到期应付款。
特殊情况的处理
工程量偏差调整：若因工程量偏差和工程变更导致工程量超过15%，需按照《计价规范》调整综合单价。具体调整公式为：当工程量增加15%以上时，增加部分的工程量的综合单价调低；当工程量减少15%以上时，减少后剩余部分的工程量的综合单价调高。
通过以上步骤和原则，造价工程师可以确保预付款结算的准确性和合理性，同时保障合同双方的权益。建议在实际操作中，仔细查阅合同条款，严格按照合同约定执行，并在遇到特殊情况时及时与业主和承包商沟通，确保工程顺利进行。