造价工程师预付款的扣回方法主要有以下几种：
按合同约定扣款
当工程进度款累计金额超过合同价格的10-20%时开始起扣，每月按一定比例从进度款中扣回。
起扣点计算法
从未施工工程尚需的主要材料及构件的价值相当于工程预付款数额时起扣。
基本公式：T=P-M/N，其中T是起扣点，即工程预付款开始扣回时的累计完成工作量金额；M是工程预付款限额；N是主要材料及构件所占比重；P是承包工程合同总额。
竣工前全部扣清
从每次结算工程价款中，按材料比重扣抵工程价款，直至工程竣工前全部扣清。
按比例分期扣回
在承包人完成累计金额达到合同总价一定比例（双方合同约定）后，采用等比率或等额扣款的方式分期抵扣。
建议
在实际工程中，预付款的扣回方式和比例应根据工程的具体情况、合同约定及双方协商来确定。合理的扣回方式和比例能够保障建设单位的利益，同时也有助于促使承包商更加认真地履行合同义务。建议在签订合同时明确预付款的扣回条款，并在工程进度中定期检查和调整扣回计划，确保预付款的合理使用和管理。