二级建造师在申请劳动仲裁时，应当遵循以下步骤和注意事项：
确定仲裁途径
如果二级建造师与其他相关方面存在劳动关系，可以申请劳动仲裁。若不存在劳动关系，则可以直接向法院起诉。
准备申请材料
提交申请书：需包括申请人和对方当事人的姓名或名称、地址、联系方式；仲裁请求、事实和理由、证据；约定仲裁机构、仲裁庭组成方式；仲裁费用承担方式等。
缴纳仲裁费：在收到仲裁申请后，仲裁委员会会告知申请人应缴纳的费用标准。
提供证据材料：包括劳动合同、考勤记录、工资发放表、短信聊天记录等，以证明劳动关系的存在。
仲裁流程
等待仲裁庭组成：仲裁委员会根据申请书和缴纳的费用，组成仲裁庭。仲裁庭通常由三名仲裁员组成，其中一名由申请人提名，一名由被申请人提名，第三名由仲裁委员会直接任命。
应诉：被申请人收到仲裁申请书后，在规定的时间内进行应答。如果被申请人对申请人的仲裁请求进行反驳，仲裁委员会可以要求申请人提供补充的证据和理由。
仲裁庭听证：仲裁庭会根据申请人和被申请人的请求，安排听证时间和地点。听证期间，双方当事人需要提供相关证据和证人为自己进行辩护和证明。
仲裁结果：仲裁庭在听证结束后，进行仲裁裁决。仲裁裁决是由仲裁庭成员多数通过，并有仲裁书形式的仲裁结果。仲裁结果对双方具有强制执行力。
注意事项
挂靠协议不受法律保护：如果二级建造师与企业之间仅存在挂靠协议而非劳动关系，则这种协议不受法律保护，申请劳动仲裁的途径行不通。
投诉举报：如果协商无果，可以向企业所在地市级建设行政主管部门投诉，或向省级住房和城乡建设厅行政审批中心投诉，申请强制变更注册或注销注册。
综上所述，二级建造师在申请劳动仲裁时，应当首先确认是否存在劳动关系，并准备充分的证据材料，按照规定的流程进行申请。如果存在劳动关系，劳动仲裁是一个有效的解决纠纷途径；如果不存在劳动关系，则可能需要通过其他法律途径解决。