监理工程师证书由 建设部收回并核销。具体流程包括：
1. 申请人向中国工程建设信息网登录《注册监理工程师注册管理信息系统》，填写并打印《中华人民共和国注册监理工程师注销注册申请表》，并上传生成数据电子文档。
2. 申请人向原聘用企业提交注销注册申请资料，经审核同意后，到所在地的建筑业执业资格注册大厅办理相关申报手续。
3. 原发证机关（通常是建设部）对所有申请注销注册的材料进行审查，形成审查意见。对准予注销注册的人员，由建设部收回、核销《中华人民共和国注册监理工程师注册执业证书》及执业印章。
建议：
申请人应先向原聘用企业提交注销申请，并确保所有材料齐全。
企业审核同意后，申请人需到所在地建筑业执业资格注册大厅办理相关手续。
申请人应关注原发证机关的具体要求和公示程序，确保注销过程顺利进行。