南通监理工程师的审核流程主要包括以下几个步骤：
确认审核范围和标准
监理工程师需要明确审核的范围和标准，以便对审核对象进行全面、准确的审核。
收集审核资料
监理工程师需要收集审核对象的相关资料，包括设计文件、施工合同、施工图纸、工程进度计划等。
进行现场审核
监理工程师需要前往现场进行审核，检查工程实际情况是否符合设计要求和施工合同要求，包括施工质量、安全、环保等方面。
记录审核结果
监理工程师需要将审核结果记录下来，包括发现的问题、建议的改进措施等。
提出审核意见
根据审核结果，监理工程师需要提出审核意见，包括通过、不通过或者需要改进的建议。
编写审核报告
监理工程师需要根据审核结果和审核意见，编写审核报告，向业主或者建设单位汇报审核情况。
跟踪审核结果
监理工程师需要跟踪审核结果的执行情况，确保问题得到解决并达到预期的效果。
此外，审核流程还可能包括以下环节：
申请审核
建设单位需向南通市住房和城乡建设管理局提交监理工程师审核申请书，申请书应包含建设项目的情况介绍，同时需提供建设单位、监理单位和监理工程师的资质证书和执业证书。
审核资格审查
南通市住房和城乡建设管理局根据申请书的内容和资料进行资格审查，确认建设单位、监理单位和监理工程师的资质及执业证书是否符合要求。
签订监理合同
通过审核后，建设单位和监理单位需签订监理合同，对建设项目的监理职责、期限、费用等进行约定。
问题整改
若在监理过程中发现问题，监理工程师需及时向建设单位和施工单位提出整改要求，并跟进整改进度，直至问题解决。
竣工验收
建设项目竣工后，监理工程师进行终止监理，并对竣工工程进行验收。验收合格后，将出具竣工结论书，标志着该项目的监理工作圆满结束。
建议：
建设单位应提前准备好所有必要的审核资料，确保资料的真实性和完整性。
监理工程师在审核过程中应严格按照标准和流程进行，确保审核结果的准确性和公正性。
对于审核中发现的问题，应及时提出整改意见并跟踪整改进度，确保问题得到彻底解决。