当造价员被发现拿回扣时，企业应采取以下措施进行处理：
立即停止违规行为
一旦发现员工存在拿回扣等违规行为，应立即停止该行为，并要求其立即归还相关款项，避免造成不良后果。
进行内部调查
企业应该对员工的违规行为进行内部调查，查明实际情况，并对员工的责任和违规行为进行认定和处理。
采取相应的制度和措施
企业应该建立健全的内部制度和管理措施，防范员工违规行为的发生，加强对员工的培训和教育，提高员工的法律意识和职业道德素质。
依法追究责任
如果员工的违规行为构成犯罪，应及时向公安机关报案，依法追究其刑事责任；如果构成违法行为，应依法进行行政处罚或者民事索赔等处理。
内部处理
公司可以先和对方协商处理，如果数额不大，员工愿意主动退还的，可以由工作单位自行处理；如果拒不归还或者数额较大的，可以向公安机关报警或者是提起诉讼。
加强内部管理
企业应加强内部管理，建立健全的监管机制，如使用安企神软件等工具进行文件加密、行为审计和网络访问控制，防止类似事件再次发生。
依据法律条文
根据《中华人民共和国刑法》及相关法律规定，员工利用职务便利收取回扣可能涉嫌非国家工作人员受贿罪，数额较大者将受到刑事处罚，包括有期徒刑、拘役和罚金。
综上所述，企业在处理造价员拿回扣的问题时，应综合考虑法律、制度和教育等多方面因素，采取果断措施，确保企业利益不受损害，并防止类似行为再次发生。