监理工程师在索赔过程中，规费和税金的计算通常遵循以下原则和方法：
规费
规费是指按省级以上政府文件执行的法定费用，包括社会保险费、住房公积金等。
在工程内容变更或增加的情况下，承包人可以申请相应增加的规费。
税金
税金是指按照增值税规定执行的费用，包括增值税及其附加税等。
如果索赔费用中包含可抵扣进项税，需要扣除可抵扣进项税后再计算税金。
计算方法
规费和税金的计算通常与原报价单中的百分率保持一致。
具体计算方法应根据工程内容变更或增加的具体情况来确定，并确保符合相关法规和标准。
示例计算
假设某工程因业主方临时设计变更导致停工，承包商需要计算窝工费用和机械设备的窝工费及租赁费。具体计算如下：
人工窝工费
工人窝工8个工日，窝工费为300元/工日，总窝工费为：8工日 × 300元/工日 = 2400元。
施工机械窝工费
挖土机窝工2个台班，租赁费为1000元/台班，动力费160元/台班，总窝工费为：2台班 × （1000元/台班 + 160元/台班） = 2360元。
自卸汽车窝工2个台班，假设按台班折旧费计算，假设每台班折旧费为500元，总窝工费为：2台班 × 500元/台班 = 1000元。
总窝工费用
总窝工费用 = 人工窝工费 + 施工机械窝工费 = 2400元 + 2360元 + 1000元 = 5760元。
规费和税金
假设原报价单中规费和税金的百分率为X%，则需要支付的规费和税金为：5760元 × X%。
建议
监理工程师在处理索赔时，应详细记录和计算所有相关费用，确保符合法规和合同条款。
在计算规费和税金时，应严格按照国家和地方的相关规定执行。
建议在工程合同中明确约定规费和税金的计算方法和支付条款，以减少索赔过程中的纠纷。