面对二级建造师单位不归还证书的情况，您可以采取以下步骤来解决问题：
沟通协商
首先，尝试与公司负责人进行沟通，了解公司扣留证书的具体原因。
如果是因为工作需要，您可以提出自己的想法和权益，尽量达成双方都能接受的解决方案。
如果是因为误会或信息不对称，澄清事实后，公司通常会归还证书。
法律途径
如果沟通协商无果，您可以向公司所在地的劳动监察大队投诉，请求其介入调查。
向当地的人力资源和社会保障部门反映情况，寻求帮助。
如果公司扣留证书的行为侵犯了您的合法权益，您可以向人民法院提起诉讼，要求公司归还证书并赔偿损失。
其他选项
如果证书是挂靠在原单位的，由于挂靠行为本身违反建设部的规定，双方通过法律途径可能得不到支持。这种情况下，您可以尝试通过协商或支付相关费用来要回证书。
如果公司始终不同意归还证书，您可以考虑到注册部门（如住建厅或建委）申请证书丢失挂失，然后补办新的证书。
保存证据
在整个过程中，保存好所有相关的证据，如劳动合同、证书复印件等，以备不时之需。
咨询专业人士
您也可以咨询当地的建设局或相关法律专业人士，获取更具体的建议和帮助。
通过以上步骤，您应该能够采取合适的方式来解决这个问题。如果问题依然无法解决，建议您寻求专业的法律援助，以维护自己的合法权益。