建筑造价工程师的证书由以下机构颁发：
一级造价工程师：
由住房城乡建设部、交通运输部、水利部负责注册及相关工作，并由这三部委联合核发《中华人民共和国一级造价工程师注册证》（或电子证书）。
二级造价工程师：
由各省、自治区、直辖市的住房城乡建设、交通运输、水利行政主管部门按专业类别分别负责注册及相关工作，并由这些部门核发《中华人民共和国二级造价工程师注册证》（或电子证书）。
造价工程师执业资格证书：
由各省、自治区、直辖市人事（职改）部门颁发，该证书由人事部与建设部共同用印，在全国范围内有效。
因此，建筑造价工程师的证书颁发涉及多个部门，具体颁发机构根据造价工程师的级别和所在地区有所不同。建议您在考取和注册造价工程师证书时，查阅所在地区的具体政策和流程，以确保顺利获取证书。